(1)基本管理費： 
按季撥付，由專業管理公司檢附費用計算明細表、印領之統一發票（收據）、投資訪視紀錄(含未參與投資個案)、投資訪視輔導報告(檢附至契約執行滿7年為止)、投資明細表及匯款帳戶資料各1份，向本處申請；輔導單位請領管理費者，由專業管理公司另檢附輔導單位開立以本處為買受人之發票及匯款帳戶資料各1份，向本處申請。 
(2)加值管理費： 
A.加值費率自投資後一年起，逐年檢視各項加值費項目，當年每一項目增加百分之零點五，並由專業管理公司或輔導單位擇一檢附輔導實績請領。 
B.自國際合作投資專案實施起，每年7月由專業管理公司檢附發票、輔導實績資料及被投資企業確認輔導書(附件六)各1份，向本處提出申請，按季撥付；輔導單位請領加值管理費者，應檢附以本處為買受人之發票、輔導實績資料、被投資企業確認輔導書及匯款帳戶資料各1份，交由專業管理公司向本處提出申請。