1.對於有募資需求且符合第二期投資方案目標對象者，可於本方案網站進行線上募資申請，填寫完成企業募資申請表後，專案辦公室將會進行電話訪談與初步個案評估，針對有潛力投資個案，也會提供募資計畫書範本以供申請企業參考。
2.當企業完備募資計畫書並回覆專案辦公室後，即正式列為受理個案，進入後續的投資評估及資源媒合作業。
3.除了直接向專案辦公室申請搭配投資外，亦可逕自向投資方案有搭配投資權利之投資人申請投資，後續則由搭配投資人進行投資評估作業。
線上申請募資可參「企業募資申請」頁面。
連結：企業募資申請
從企業申請搭配投資到實質取得投資資金所需時間，會受到企業營運發展想法、研發進程、營運里程碑達成情形與資訊提供的完整度等面向影響，估算短則半年、長則1~3年，須視企業狀況。
若符合第二期投資方案之投資對象，且有募資需求者，可於本方案網站進行線上募資申請，填寫完成企業募資申請表後，專案辦公室將依個案發展評估後，轉介搭配投資人或其他資源。
若搭配投資人推薦企業為搭配投資個案，進入到專案辦公室投前訪視階段，企業必需協助安排訪視會議，說明自身的營運發展歷程及未來發展規劃，協助經濟部中小企業處與訪視顧問瞭解及評估潛在搭配投資個案。
第二期投資方案原則個案單次投資上限為1億元，最多可增資至1.5億元；若增資後超過1億元時，將由專案辦公室辦理特別審議會評估。
專案辦公室及搭配投資人會依照中小企業所提出之募資計畫書進行投資評估審閱，主要評估面向：
1. 經營團隊過去實績與執行力
2. 產業趨勢與市場規模
3. 產品發展性與商品化程度
4. 技術或服務創新性
5. 市場與行銷可行性
6. 現行競爭者分析
7. 財務報表評估
8. 法務事項評估(包含取得相關認證、智財、訴訟等問題)
9. 募資結構與股權變動情形
10. 資金來源與運用合理性
11. 營運計畫書完整性與前後一致性
- 若為過去投資輪次有國發天使方案參與，第二期投資方案亦可來申請，但仍需要留意官股持股比例不得為最大持股，且官股持股比例不得超過49%。
- 若本輪同時考慮國發天使方案與第二期投資方案者，建議仍需依自身的募資輪次與募資金額來決定符合自身現況之方案，原則國發天使方案與第二期投資方案的資金挹金，設定為不同的企業發展階段，因此並不適合等同來看。
- 「行政院國家發展基金創業天使投資方案」(以下簡稱國發天使方案)同樣採用搭配投資模式，惟搭配投資對象為天使投資人，而非投資機構，且搭配投資對象無需進行遴選即可申請搭配投資。
- 國發天使與第二期投資方案最大的差異在於潛力個案的投資階段別，若募資階段為種子輪或天使輪，且本輪總募資金額在2,000萬以下者，建議可以思考申請國發天使方案。
專案辦公室由經濟部中小及新創企業署為推動第二期投資方案業務而遴選，主要職責包含(1)辦理代辦採購作業，透過每3個月進行採購遴選作業，讓潛力搭配投資人可以以最短時間，有效率地加入合格搭配投資人的行列；(2)投資評估與投審會議辦理，針對搭配投資人提案申請搭配投資之個案，協助邀請委員進行投前訪視作業，並依搭配投資人身分辦理或參與投審會議；(3)投後管理業務，除監管搭配投資人應有之投後管理作為外，亦就獲投企業每季財務資訊進行分析，以有效掌握獲投企業狀況，銜接所需資源。
